Tháng 10 năm 1993, có một vụ ám sát bất thành nhằm vào Gaddafi của một số người trong quân đội Libya. Ngày 14 tháng 7 năm 1996, những cuộc nổi loạn đẫm máu xảy ra sau một trận bóng đá tại Tripoli do con trai của Gaddafi tổ chức, như một cuộc phản kháng chống lại Gaddafi.

Có một số nhóm chính trị đối lập với Gaddafi:

• Hội nghị Quốc gia của Đối lập Libya
• Mặt trận Quốc gia vì sự Cứu rỗi Libya
• Uỷ ban Hành động Quốc gia Libya tại châu Âu

Một website, tìm cách lật đổ ông, đã được thành lập năm 2006 và liệt kê 343 nạn nhân của việc ám sát và giết hại chính trị.[114]Liên đoàn Nhân quyền Libya (LLHR) – có trụ sở tại Geneva – kiến nghị Gaddafi thành lập một cuộc điều tra độc lập với vụ bất ổn tháng 2 năm 2006 tại Benghazi trong đó khoảng 30 người Libya và người nước ngoài đã bị giết hại.

Fathi Eljahmi là một nhân vật bất đồng nổi bật, ông đã bị bỏ tù từ năm 2002 vì kêu gọi tăng cường dân chủ hoá tại Libya.

Cuộc nổi dậy tại Libya và sự can thiệp của phương Tây

Tháng 2 năm 2011, vài tuần sau khi các cuộc biểu tình khiến tổng thống của Tunisia và Ai Cập từ chức, cuộc nổi dậy chống Gadhafi đã bùng lên. Gadhafi dùng quân đội để trấn áp cuộc nổi dậy và tuyên bố trên truyền hình rằng ông sẽ truy đuổi những người chống đối như những con chuột, và khẳng định hành động của họ là hậu quả của việc dùng thuốc gây ảo giác. Việc này đẩy sự căm phẫn của những người chống đối lên cao hơn, khiến làn sóng nổi dậy phát triển mạnh hơn, biến thành nội chiến.

Tình hình trở nên tồi tệ hơn khi Hội đồng Bảo an Liên Hiệp quốc ra Nghị quyết số 1973, thiết lập vùng cấm bay tại Libya. Sau đó, 15 quốc gia phương Tây lập liên minh, đem không quân và hải quân tới thực thi khu vực cấm bay và phong tỏa hải quân, cũng như tiến hành không kích vào lực lượng của ông Gadhafi để hỗ trợ quân nổi dậy. (xem tại Can thiệp quân sự vào Libya 2011)

Kể từ đó, nhiều nhân vật chính trị, quân sự, lẫn bóng đá đã bỏ chạy sang phe nổi dậy và lên tiếng chỉ trích Gaddafi. Ngày 31 tháng 3, Ngoại trưởng Libya Moussa Koussa đã "đào tẩu" sang Anh Quốc[115] để phản đối lực lượng thân Gaddafi tấn công dân thường.[116] Ngày 1 tháng 4, 3 quan chức cao cấp của chính quyền Gaddafi từ chức chạy ra nước ngoài: ông Ali Abdessalam Treki, đại diện Libya tại Liên Hiệp Quốc, ông Abu Al Mohammad Qassim Al Zawi, đứng đầu Ủy ban Nhân dân Libya, và ông Abu Zayed Dordah, cựu thủ tướng của Libya trong thời gian từ 1990-1994, giám đốc Cơ quan Tình Báo Libya.[117]

Ngày 30 tháng 5, 8 sĩ quan quân đội cấp cao của Libya, trong đó có 5 vị tướng và 3 đại tá đã tuyên bố rời bỏ hàng ngũ quân Gaddafi. Họ cáo buộc Gaddafi đã cho "giết chóc, thảm sát, bạo lực chống lại phụ nữ" và đã bảo họ làm những điều mà "không một người có lý trí nào với nhân cách tối thiểu có thể làm". Tướng Oun Ali Oun cáo buộc quân của Gaddafi mắc tội "diệt chủng" và kêu gọi các binh lính và sĩ quan an ninh rời bỏ chính quyền.

Ngày 25 tháng 6, 17 nhân vật thuộc làng bóng đá Libya, trong đó có 4 tuyển thủ quốc gia, bỏ chạy sang phe nổi dậy. Thủ môn đội tuyển bóng đá Libya, Juma Gtat, nói: "Tôi muốn nói với Đại tá Gaddafi rằng hãy để chúng tôi được yên và hãy để chúng tôi xây dựng một Libya tự do. Thật ra, tôi ước gì ông ta hãy biến khỏi cuộc đời này vĩnh viễn." Còn huấn luyện viên câu lạc bộ hàng đầu Tripoli al-Ahly, Adel bin Issa nói: "Tôi hy vọng một sáng thức dậy và thấy ông Gaddafi không còn ở Libya nữa."[118][119]

Bị lật đổ và thiệt mạng

Gaddafi bị chính thức lật đổ vào cuối tháng 8 năm 2011, sau 42 năm cầm quyền ở Libya. Đến giữa tháng 9, khoảng một nửa quốc gia trên thế giới, chính thức công nhận Hội đồng Chuyển tiếp Quốc gia Libya (NTC) là chính quyền hợp pháp của nước này.[120] Ngày 6 tháng 10, đại tá Gaddafi lại ra mặt sau một thời gian mất tích để kêu gọi "toàn dân xuống đường biểu tình rầm rộ phản đối chính quyền lâm thời Libya", nhưng chẳng có ai hưởng ứng và không có cuộc biểu tình chống NTC nào diễn ra.[121][122]

Quân NTC tấn công Sirte, quê hương và cũng là thành trì cuối cùng của Gaddafi, vào ngày 20 tháng 10. Cùng ngày, các phương tiện truyền thông đã dẫn lời một quan chức quân đội cao cấp của hội đồng Dân tộc chuyển tiếp Libya (NTC) cho biết đại tá Gaddafi đã chết vì nhiều vết thương nặng khi đang trên đường chạy trốn và bị bắt gần Sirte.[123][124][125][126][127] Theo một số nguồn tin, Gaddafi bị bắt khi đang trốn trong một ống cống,[6][128][129] ông ta đã cầu xin tha mạng[130] và van xin các binh sĩ nổi dậy "đừng bắn",[131] nhưng sau đó đã chết do bị một viên đạn bắn vào đầu,[132] việc ông bị hành quyết hay bị trúng đạn lạc đang được yêu cầu điều tra[133]

Binh sĩ NTC viết lên cống bằng sơn màu xanh dòng chữ "Nơi trốn của Gaddafi, con chuột cống",[134] và chuyền nhau khẩu súng lục bằng vàng của ông ta.[135] Thi thể của Gaddafi sau đó được đưa đến Misrata với 2 cái lỗ trên ngực và thái dương, và được đặt trong một phòng lạnh dùng để chứa thị gia súc[136][137] cùng với thi thể của con trai Mu'tasim.[138] Tại đây, người ta xếp những hàng dài để được vào xem tận mắt thi thể Gaddafi, dắt theo cả con cái [139] và tạ ơn Thượng đế.[140]

Nhiều người Libya đã đổ ra đường ăn mừng cái chết của đại tá Gaddafi,[141] còn Hugo Chavez thì bày tỏ sự thương tiếc và gọi nhà lãnh đạo bị lật đổ này là "liệt sĩ".[142] Tờ New York Times đã đăng tải tường thuật của Mansour Dhao Ibrahim, một phụ tá và được cho là anh em họ của ông Muammar Gaddafi: Gaddafi đã "rất sợ NATO", trong những ngày cuối đời, ông phải ăn gạo sống và mì ống nhặt được từ các nhà dân bỏ hoang, than thở về việc không có điện và nước.[143] Tuy nhiên theo Huneish Nasr, lái xe riêng Gaddafi trong 30 năm, người cuối cùng chứng kiến cảnh Đại tá Gaddafi chết thì: "Ông ấy thật kỳ lạ. Ông luôn đứng yên và hướng về phía Tây. Tôi chưa từng thấy sự sợ hãi trong mắt ông.", và binh lính nổi dậy tiến đến gần, ông Gaddafi tuy lúng túng không biết phải làm gì nhưng không hề tỏ ra sợ hãi.[144]

Đến ngày 25 tháng 10, Gaddafi cùng con trai Mutassim và cựu bộ trưởng quốc phòng dưới chế độ Gaddafi Abu Bakr Younis đã được đem chôn tại một nơi bí mật trong sa mạc.[145] ĐIều này trái với mong ước trong di chúc của Gaddafi, trong đó ông bày tỏ mong muốn được chôn cất bên cạnh "gia đình và bạn bè" ở quê hương mình.[132]

Có những phản ứng trái chiều về việc chôn cất bí mật này. "Đây là niềm vui dành cho toàn thể người dân Libya, cho cuộc cách mạng của chúng tôi", thủ thành Samir Aboud nói khi đội tuyển Libya giành được vé dự Cúp bóng đá châu Phi 2012. Tại giải đấu này, các cầu thủ Libya đã mặc trang phục mới, hát quốc ca mới dưới một màu cờ mới.[146] Trong khi đó, gia tộc ông Gaddafi đã ra một tuyên bố kêu gọi Liên Hiệp Quốc gây sức ép với những lãnh đạo mới của Libya để "trao trả thi thể của các chiến binh tử đạo cho bộ tộc của mình để họ được chôn cất theo nghi lễ Hồi giáo".[147]